Tidak ada cacatan sejarah yang pasti, kapan daerah Tanjunguban menjadi pemukiman masyarakat, namun yang jelas Tanjunguban pernah menjadi bahagian wilayah dari Kerajaan Bintan pada akhir abad ke 13 yg berpusat di Teluk Bintan. Pada tahun 1292, Marcopolo dalam pelayarannya pernah singgah di Teluk Bintan dan mendapati daerah ini sudah ramai dengan kegiatan pelayaran.
Pada masa pemerintahan Yang Dipertuan Muda-II, Daeng Cellak (1728-1745) telah diusahakan perkebunan gambir di Pulau Bintan (termasuk bahagian darat Tanjung Uban) yang dikerjakan oleh buruh-buruh Cina dan Melayu. Sedangkan bahagian pesisir Tanjunguban yg menghadap Selat Riau adalah daerah rawa-rawa yang pada umumnya dihuni oleh nelayan Melayu. Jadi pada abad ke 18, Tanjunguban sudah ramai dihuni oleh masyarakat Melayu dan Cina.
Tanjuguban menjadi lebih ramai setelah Pemerintah Belanda membangun tempat pengisian dan penyimpanan minyak pada tahun 1930 yang dikelola oleh STANVAC (Standard Vacuum) Pertolium Compeny. Para pekerja Stanvac adalah orang Cina Canton yang didatangkan dari Singapura. Baru pd tahun 1932, Stanvac menerima pegawai anak-anak Melayu dan pendatang dari luar daerah.
Tahun 1934, orang-orang Cina mulai membuka warung-warung kopi dan toko-toko kelontong di Tanjunguban. Disamping itu, didirikan juga Sekolah Cina disekitar Kampung Cenderawasih ( Tahun 1960, sekolah Cina dibubarkan oleh Pemerintah).
Tahun 1941, Pemerintah Hindia Belanda menjadikan Tanjunguban sebaga pusat KNIL (Koninkelijk Nederlands Indisch Leger) untuk wilayah Residen Riaow. Maka dibangunlah perumahan tentara yang sekarang menjadi Komplek TNI-AL
Tahun 1947, untuk membantu Angkatan Laut Belanda menjaga pantai dan penyelundupan. maka Departemen Van Sheepvaat membentuk Kesatuan Tugas ( SATGAS) yang diberi nama ” Zee en Kustbeweking Dienst ” ( Dinas Penjagaan Laut dan Pantai ) yang berpangkalan di Tanjunguban. Tahun 1949, Jawatan Pelayaran RI membangun asrama, dermaga, proyek air minum jago yang sekarang menjadi Komplek KPLP/Kesyahbandaran.
Berdasarkan SK.Provinsi Sumatra Tengah No.9/Dper/Ket/50 tanggal 8 Mei 1950 tentang otonomi Tingkat II Kepulauan Riau, dibentuk Kresidenan Tanjungpinang yang membawahi Kecamatan Bintan Selatan, Kecamatan Bintan Utara, Kecamatan Galang dan Kecamatan Batam. Dengan demikian secara pemerintahan, daerah Tanjunguban telah menjadi Kecamatan sejak tahun 1950.