
Masjid ini berada di Kota Yerusalem Timur, yang dikenal dengan nama wilayah Al Haram Asy Syarif bagi umat islam. Sedangkan umat nasrani dan yahudi mengenalnya sebagai Har Ha Bayit (bukit bait Allah atau temple mount/kuil bukit). Masjid ini memiliki ukuran seperenam dari seluruh area Al Haram Asy Asyarif di dalam tembok Kota Lama Yerusalem.
Pada tahun 746 Masehi di Yerusalem pernah terjadi gempa bumi dan menghacurkan seluruh bangunan masjid. Khalifah Abbasiyah Al Mansur kemudian membangun kembali pada tahun 754, yang dikembangkan oleh penggantinya Al Mahdi pada tahun 780 Masehi. Tahun 1033 gempa kembali menghancurkan sebagian besar Al Aqsa, dua tahun kemudian Khalifah Fatimiyyah Ali Azh Zhahir membangunnya kembali.

Pada 21 Agustus 1969 masjid ini dibakar, akibat peristiwa itu terbentuklah Organisasi Konferensi Islam. Pembakaran tersebut juga menyebabkan mimbar kuno Shalahuddin Al Ayyubi terbakar habis. Mimbar tersebut kemudian digantikan dengan mimbar baru yang dikerjakan di Yordania pada masa Dinasti Bani Hasyim, penguasa Kerajaan Yordania.
Al Aqsa merupakan tempat persinggahan Nabi Muhammad SAW sebelum Mi’raj ke langit. Ia juga jadi tempat suci ketiga orang islam setelah Mekkah dan Madinah. Pernah menjadi arah kiblat salat umat islam selama 13 tahun penyebaran islam di Mekah dan 17 bulan setelah hijrah di Madinah.
Yahudi sengaja ingin memusnahkan keberadaan masjid Al Aqsa, sebagai gantinya mereka sengaja menyamarkan keberadaan Masjid Sakhra atau Dome of the Rock atau kubah batu, seolah-olah seperti Al Aqsa. Tujuannya adalah untuk membangun Solomon Temple atau Kuil Sulaiman pada bekas reruntuhan Al Aqsa.
Umat Yahudi meyakini dalam Kitab Perjanjian Lama (Taurat) bahwa di akhir zaman nanti akan muncul seseorang yang mereka anggap sebagai dewa penolong Yahudi yang dinamakan Messiah atau Al Masih dalam bahasa Arab. Kemunculan Messiah ini hanya terjadi jika mereka melakukan ritual agama di Solomon Temple dengan mempersembahkan sapi betina berwarna merah (Al Baqarah).

Israel terus berusaha menghancurkan Al Aqsa dengan berbagai cara, seperti dengan dalih ingin mencari dinding sejarah yang tertimbun di bawah tanah, mereka melakukan penggalian di selatan kompleks Masjid Al Aqsa. Terkait hal ini anggota parlemen Palestina mengingatkan bahwa penggalian itu bagian dari proyek Zionis yang ingin mengubah identitas Arab Yerusalem, mengusir penduduk asli dan menjadi sebuah Kota Yahudi.
Israel juga membangun Taman Talmud dan Al Kitab sebagai upaya untuk mengelabui umat islam. Taman-taman tersebut diperluas hingga ke bagian timur-selatan perbatasan Masjid Al Aqsa di sepanjang Kota Silwan dan lembah Sawwanah. Di bagian utara antara Bab Al A’moud dan Bab Al Sahera.
Mereka juga membangun jalan-jalan dan trotoar yang menghubungkan ke Taman Al Kitab tersebut. Proyek tersebut dimobilisasi oleh sejumlah besar tenaga kerja ahli yang menggunakan teknologi tinggi untuk tujuan Yahudi-Israel.[] Dari berbagai sumber